A ilha de São Francisco está localizada no litoral norte do Estado de Santa Catarina, no qual se encontra a cidade histórica de São Francisco do Sul. Na parte continental, integrado ao município, de São Francisco do Sul, encontra-se o Distrito do Saí. O Município faz divisa com Itapoá, Garuva, Joinville, Araquari, Barra do Sul, possuindo também uma extensão de aproximadamente 30 Km, banhada pelo Oceano Atlântico, ( Praia Grande ).

A ilha de São Francisco possui 12 praias, algumas banhadas pelas águas da baía de Babitonga, sendo que no seu interior, existe um arquipélago formado por 24 pequenas ilhas. Uma delas, a ilha da Rita, foi antiga base de combustíveis da Marinha, e serviu para abastecer os navios da Esquadra Brasileira durante a Segunda Guerra Mundial.

Na entrada da Barra de São Francisco do Sul, encontra-se o arquipélago da Graça formado por diversas ilhas, tendo como ilha principal, a da Paz, onde foi construído em 1905 um Farol para orientar os navios que chegam ao Porto, o qual se encontra funcionando regularmente até os dias de hoje.