A ilha de São Francisco está localizada no litoral norte do Estado de Santa Catarina, no qual se encontra a cidade histórica de São Francisco do Sul. Na parte continental encontra-se o Distrito do Saí. O Município faz divisa com Itapoá, Garuva, Joinville, Araquari, Barra do Sul, possuindo também uma extensão de aproximadamente 30 Km, banhada pelo Oceano Atlântico (Praia Grande).
A ilha de São Francisco do Sul possui 12 praias, algumas banhadas pelas águas da baía da Babitonga, sendo que no seu interior existe um arquipélago formado por 24 pequenas ilhas. Uma delas, a ilha da Rita, foi antiga base de combustíveis da Marinha, e serviu para abastecer os navios da Esquadra Brasileira durante a Segunda Guerra Mundial.
Na entrada da Barra de São Francisco do Sul, encontra-se o arquipélago da Graça formado por diversas ilhas, tendo como ilha principal a da Paz, onde foi construído em 1905 um Farol para orientar os navios que chegam ao Porto, o qual se encontra funcionando regularmente até os dias de hoje.
